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OverviewEsta tese apresenta um método computacional para detectar e eliminar contigs NGS redundantes gerados por montadores de novo. A abordagem usa duas técnicas baseadas em Hashing, um Bloom Filter para eliminar contigs duplicados e um hash sensível à localidade (LSH) para remover contigs similares. Como um grande número de contigs é gerado por diferentes montadores, essas abordagens requerem recursos computacionais e humanos consideráveis. A redução de redundância facilita a análise posterior dos dados e reduz o tempo necessário para finalizar e curar montagens genômicas. A montagem híbrida do dataset GAGE-B (8 bactérias divididas em 12 conjuntos sequenciados em Illumina HiSeq e MiSeq) foi realizada com o montador SPAdes (De Bruijn Graph) e o montador Fermi (OLC). O pipeline foi aplicado aos contigs resultantes e o desempenho comparado com outras ferramentas semelhantes, como HS-BLASTN, Simplifier e CD-HIT. O aplicativo proposto pode gerar resultados complementares e ajuda a unir esses resultados, tornando a montagem mais precisa. Full Product DetailsAuthor: Marcus Braga , Artur Silva , Rommel RamosPublisher: Novas Edicoes Academicas Imprint: Novas Edicoes Academicas Dimensions: Width: 15.20cm , Height: 0.80cm , Length: 22.90cm Weight: 0.209kg ISBN: 9786200808486ISBN 10: 6200808481 Pages: 136 Publication Date: 09 June 2020 Audience: General/trade , General Format: Paperback Publisher's Status: Active Availability: In stock  We have confirmation that this item is in stock with the supplier. It will be ordered in for you and dispatched immediately. Language: Portuguese Table of ContentsReviewsAuthor InformationTab Content 6Author Website:Countries AvailableAll regions |
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